Sains yang dibahas di Trensains adalah sains yang menjadi pondasi teknologi yakni sains kealaman, natural science, bukan sains humaniora. Sains kealaman adalah sains dengan alam sebagai obyek kajiannya yang secara formal terbagi dalam bidang-bidang sains astronomi, biologi, fisika, kimia, geologi, farmasi dan kedokteran maupun terapan teknologinya.  


Langkah sederhana dan praktis untuk mendapatkan gambaran atau pandangan tentang sains kealaman dari al-Quran adalah mengidentifikasi semua ayat yang menyinggung bagian-bagian alam dengan semua fenomenanya. Sebagai contoh, ayat kauniyah jika memuat kata air, awan, besi, bintang, burung, cahaya, darah, emas, jahe, kapal, kilat, langit dan zarrah. Perhitungan langsung menghasilkan 1108 ayat dimaksud dan masih bersifat umum. Pemilahan dengan batasan makna atau pesan lebih spesifik menyisakan 800 ayat.  


Secara faktual al-Quran diungkapkan dengan bahasa Arab, bahkan dengan sadar dan jelas al-Quran menyatakan bahwa dirinya diturunkan dalam bahasa Arab (QS. ). Urgensi bahasa Arab pernah disinggung Rasulullah saw dengan berpesan agar belajar dan mengajarkannya, terlepas dari perdebatan ulama mengenai kesohihan hadisnya. Demikian pula Amirul Mukminin Umar bin Khattab ra. berkata “Bersemangatlah mempelajari bahasa Arab karena ia adalah bagian dari agamamu”.


Salah seorang ulama terkemuka Ibnu Taimiyah pernah berfatwa: “Sesungguhnya bahasa Arab itu sendiri bagian dari agama dan hukum mempelajarinya adalah wajib, karena memahami Al-Kitab dan As-Sunnah itu wajib dan keduanya tidaklah bisa difahami kecuali dengan memahami bahasa Arab. Hal ini sesuai dengan kaidah:Apa yang tidak sempurna suatu kewajiban kecuali dengannya maka ia juga.”


Bahasa Arab di Trensains diperlukan bukan sekedar untuk berkomunikasi tetapi untuk penelaahan lebih serius atas teks-teks al-Quran, yang tanpanya pemahaman al-Quran dengan terjemah menyebabkan banyak kehilangan informasi.


Dengan demikian, materi ajar yang diberikan untuk para santri Trensains meliputi tiga hal: natural science, al-Quran beserta seluk beluknya dan bahasa arab. Ketiga materi tersebut jika diturunkan menjadi materi mayor atau pokok, adapun materi lainnya bersifat sebagai penunjang.